长春中医药大学附属医院神经内科的李巧莹等,利用加权基因共表达网络分析等转录组学技术,识别与aSAH发病机制相关的长链非编码RNA(lncRNA)。结果发表在2021年5月的《BMC Neurology》在线。——摘自文章章节
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【Ref: Leng W, et al. BMC Neurol. 2021 May 14;21(1):197. doi: 10.1186/s12883-021-02156-1.】
动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aSAH)的致死率、致残率较高。深入了解aSAH的发病机制尤为重要。转录组学分析可为探索分子水平病理机制及寻找新的治疗靶点提供可能。长春中医药大学附属医院神经内科的李巧莹等,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)等转录组学技术,识别与aSAH发病机制相关的长链非编码RNA(lncRNA)。结果发表在2021年5月的《BMC Neurology》在线。研究者将43例aSAH患者和18例健康志愿者的外周血标本分为实验组和对照组。自基因表达综合数据库(GEO)下载微阵列GSE36791,在标准化数据后,对两组进行差异表达分析,识别有意义的差异化表达RNAs(DERs,包括lncRNA和mRNA)。然后,对DEmRNAs进行功能分析,并应用WGCNA提取与SAH相关的基因模块,建立绘制lncRNA-mRNA共表达网络,并进行基因集富集分析(GSEA)和筛选参与SAH发病机制的关键RNA生物标记。最后在一个更大的数据集GSE7337中验证该结果。
结果显示,差异表达分析共确认561个DERs,包括25个DElncRNAs(10个上调的lncRNAs,15个下调的lncRNAs)和536个DEmRNAs(229个上调的mRNAs,307个下调的mRNAs)。功能分析表明,DEmRNAs主要与免疫应答的GO-BP和KEGG通路相关。WGCNA表明,6个基因模块与SAH呈显著正相关。绘制lncRNA-mRNA共表达网络,包含2个lncRNAs(LINC00265和LINC00937)和169个mRNAs,在实验组中均上调。其中,LINC00265与2个mRNA,即NF-κB抑制剂α(NFKBIA)和白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)密切相关。LINC00937与IRAK3亦密切相关。GSEA分析表明,LINC00265和LINC00937与三种通路,包括细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、神经营养因子信号通路和凋亡途径相关;此外,NFKBIA和IRAK3分别与凋亡和神经营养因子信号传导通路相关;而IL1R2、IL18RAP和IL18R1与细胞因子-细胞因子受体相互作用通路有关。这些基因表达水平变化在GSE36791和GSE7337中得到证实。
最终作者指出,该实验证实2个lncRNA(LINC00265和LINC00937)和5个mRNAs与SAH的发病机制有关,可能通过激活神经营养信号通路和细胞凋亡来参与SAH的发病。
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