苄星青霉素对胃酸稳定,但从胃肠道吸收不完全,口服后血药浓度很低。肌内注射后,药物在体内缓慢释放、水解成青霉素G,血液中药物浓度虽然较低,但血药浓度可维持2~4周。成人肌内注射240万U,14天后血药浓度为0.12μg/ml;新生儿肌内注射5万单位,13~24h到达血药浓度峰值,约为1.23μg/ml,4天和12天后的血药浓度分别为0.65~0.92μg/ml和0.07~0.09μg/ml;儿童肌内注射60万U、120万U,24h后血药浓度达峰值,分别为0.16μg/ml和0.15μg/ml,给药后18天,血药浓度为0.01μg/ml。药物吸收后可广泛分布于各组织、体液中。药物主要经肾随尿液排泄,另有少量药物经胆汁排泄。