1．组织化学和特殊染色
(1)网状纤维染色：
①肝细胞癌常缺乏见于正常肝组织和肝硬化肝组织的网状结构。
②确定癌细胞浸润。
③鉴别癌与肉瘤。
(2)Feulgen染色：显示DNA，用于倍体分析。
(3)核仁组成区银染蛋白(AgNORs)：用于核仁rRNA转录活性分析。
(4)其他：
①Sudanm染色(显示胞质内电性脂肪)。
②PAS染色(显示胞质内糖原、黏液)。
③Stein染色(显示胆红素)。
④Fontana反应(显示胞质内黑色素，与黑色素瘤鉴别)。
2．免疫组织化学染色
(1)肝细胞癌特异性抗体：
①肝细胞(Hepatocyte/Hep Parl)阳性。
②多克隆性CEA(PCEA)显示癌细胞之间的毛细胆管阳性。
③CK8/CK18阳性。
④部分(40%～80%)病例AFP阳性(相对特异性标记物)。
⑤CD34显示弥漫性微血管(相对特异性标记物)。
(2)有关病毒抗原：乙型肝炎病毒抗原(HBsAg、HBcAg、HBeAg)或丙型肝炎病毒抗原LHCV核心抗原(CP)、非结构区抗原(NS3、NS5)]可阳性。
3．图像分析(ICM)和流式细胞术(FCM)检测 用于量化评估细胞分化、增殖程度，辅助诊断癌前病变、早期癌，估计预后等。
①DNA指数(DI)。
②增殖指数(PI)。
③染色体倍数(2C，AN)。
④核定量参数[包括核面积(NA)，核不规则指数(NII)等]。
4．电镜
(1)显示肝癌细胞的相对特征性超微结构：
①核异型性。
②假包涵体。
③髓样小体。
(2)显示肝癌细胞胞质的特殊物质：
①糖原。
②脂肪。
③AFP(粗面内质网内)。
④肝炎病毒抗原HBsAg(光面内质网内)。
⑤HBcAg(胞核内)等。
(3)鉴别转移性肿瘤：例如，
①分泌颗粒(黏液性肿瘤或内分泌肿瘤)。
②神经内分泌颗粒(类癌)。
③黑色素颗粒(黑色素瘤)等。
5．分子生物学技术
①PCR扩增，分子杂交和原位分子杂交显示癌基因、抑癌基因、HBV-DNA，HCV-RNA。
②PCR-RFLP技术显示点突变。
