头孢噻肟可肌肉或静脉注射。肌肉(30min)或静脉注射1g后Cmax可分别达到20和100µg/ml。30分钟内静脉滴注1g,血清峰值浓度为40v45µg/ml。血中约38%的药物与血浆蛋白结合。表现分布容积为0.25v0.39L/kg。该药能分布于大多数组织器官和体液中,在感染存在时可透过血脑屏障,在脑脊液中对多数病原菌达到有效的治疗浓度。其能透过胎盘屏障。50%的药物被代谢成具有一定活性的去乙酰头孢噻肟和其它未知的无活性代谢产物,去乙酰头孢噻肟的抗菌活性为头孢噻肟的1/10,药物与其代谢物联合有协同抗菌现象。母体药物和其代谢产物通过肾小管分泌和肾小球滤过的形式排出体外。50%的药物以原形及15%v25%去乙酰头孢噻肟从尿中排泄。半衰期为1小时,去乙酰头孢噻肟的半衰期为1.6小时。肾功能减退患者少量原形药物在体内蓄积,然而去乙酰基代谢产物的半衰期延长。