口服吸收迅速,吸收率约为80%,血浆药物浓度达峰时间为4v6h,分布半衰期为0.36v2h,给药后2v12h甲氟喹的血浆浓度为1δg/ml。血浆浓度下降曲线十分平缓,最终消除半衰期平均为21.4天,在血浆中99%以上的甲氟喹与蛋白结合,然而,红细胞内或红细胞上的浓度约为血浆浓度的170%。保留于红细胞的甲氟喹约半数与细胞膜相结合。表观分布容积为27v50L/kg,表明广泛分布于组织中各室。甲氟喹以原形药物由尿液中排泄缓慢,初始4周内约仅排出给药剂量的5%。该药主要经肝消除,口服后4h从血中检出主要代谢物,数日后代谢物浓度可超过甲氟喹浓度,血浆药物-时间曲线下面积比原形药物大3.4倍,每周重复给药后,几个月后即达稳态血浆浓度,长期治疗后对肝药酶的激发活性有抑制作用。