本药口服不吸收,皮下、肌内或静脉注射均吸收良好,吸收后分布于血细胞和血浆中,部分可弥散到血管外组织间隙。其静脉注射后能与血浆低密度脂蛋白高度结合成复合物,也可与球蛋白及纤维蛋白原结合,由单核-吞噬细胞系统摄取到肝内代谢,经肝内肝素酶作用,部分分解为尿肝素。本药静脉注射后半衰期为1v6h,平均1.5h,并与用量有相关性;按体重静脉注射100U/kg、200U/kg或400U/kg,其半衰期分别为56、96、152min。慢性肝、肾功能不全及过度肥胖者,本药的代谢、排泄延迟,并有体内蓄积的可能。由于分子较大,本药不能通过胸膜和腹膜,也不能通过胎盘。血浆内本药浓度不受透析的影响。本药起效时间与给药方式有关。直接静脉注射可立即发挥最大抗凝效应,以后作用逐渐下降,3v4h后凝血时间恢复正常。一次静脉滴注给予负荷量可立即发挥抗凝效应,否则起效时间则取决于滴注速度。皮下注射一般在20v60min内起效,且有个体差异。本药的代谢产物一般为尿肝素,经肾脏排泄,大量静脉注射后其50%可以原形排出。