本药用量小于30mg/m2时,口服吸收良好,1v5h血药浓度达最高峰;肌内注射后达峰时间为0.5v1h。血浆蛋白结合约为50%。本药透过血-脑脊液屏障的量甚微,但鞘内注射后则有相当药量可达全身循环。部分经肝细胞代谢转化为谷氨酸盐,部分通过胃肠道细菌代谢。主要经肾(约40%v90%)排泄,大多以药物原形排出体外;不到10%通过胆汁排泄。半衰期Ω相为1h;半衰期?相为二室型:初期为2v3h,终末期为8v10h。小量甲氨蝶呤及其代谢产物以结合型形式贮存于肾脏和肝脏等组织中,有时可长达数月。在有胸腔或腹腔积液情况下,本药的清除速度明显延迟;清除率个体差别极大,耉年患者更甚。